脂肪酸のωとは構造中の二重結合の位置を示している。動物はω3脂肪酸をαリノレン酸から、ω6脂肪酸をγリノレン酸から合成する。体内ではαリノレン酸はリノール酸から合成されるが、γリノレン酸は合成不能である。このためリノール酸とγリノレン酸は食餌から摂らねばならない。
ω6脂肪酸であるγリノレン酸からはアラキドン酸が合成され、プロスタグランジン、トロンボキサンが生成される。プロスタグランジンにはAからJまでの種類があり、血小板凝集、血管拡張、血管収縮、発熱・痛覚伝達作用など多様な生理活性を有する。トロンボキサン2は血小板凝集作用、血管・気管支収縮作用を有する。
ω3脂肪酸であるαリノレン酸からはエイコサペンタエン酸（EPA）とドコサヘキサ塩酸（DHA）が合成される。エイコサペンタエン酸は抗血小板作用を有している。また、エイコサペンタエン酸（EPA）からはトロンボキサン3が産生される。トロンボキサン3は、アラキドン酸が代謝されて出来るトロンボキサン2と異なり、血小板凝集作用や、血管平滑筋収縮作用が無い。トロンボキサン3はトロンボキサン2と競合するため血小板凝集抑制作用や血管平滑筋弛緩作用を持つことになる。DHAは脳や神経のリン脂質に含まれる脂肪酸の主要な成分である。DHAは脳内にもっとも豊富に存在する長鎖不飽和脂肪酸であり、神経細胞の膜の柔軟性を高めることから、学習機能を向上させると言われている。（一方、EPAは脳内にほとんど存在しない。）また、DHAは肝臓での中性脂肪の合成を抑制する作用も有している。
このようにω3脂肪酸とω6脂肪酸はそれぞれ多彩の生理活性を有しており、また、それぞれが互いの作用を調整しあっている。この相互作用は非常に複雑であり、これを特定の因子の調節で制御することは不可能である。このことから考えても、食餌のω3、ω6脂肪酸の摂取比率を調整することで生理機能を調節することは現実的には不可能である。しかし、不飽和脂肪酸の摂取率を上げることは重要である。ω3、6とも植物油に多く含まれており、地中海ダイエットではオリーブオイルの摂取を推奨している。食用油はオリーブオイルのような植物性の物を摂り、バターやラードなどは少なくすべきであるということは以上の理由による。食材としてのタンパク質の由来は主に肉類か魚介類である。前述したように動物性の脂肪酸は不飽和である。ところが、同じ肉でも魚肉にはω3脂肪酸であるEPAとDHAが多く含まれている。このため、タンパク源としては肉類を少なくして魚介類を多く摂ることが好ましい。不飽和脂肪酸を摂取することは好ましいことではあるが、脂肪酸の総摂取量を上げることはカロリーオーバーに直結して肥満の原因となる。このため、脂肪酸の総摂取量は適正値を守り、不飽和脂肪酸の摂取率を上げることが重要となる。